人と自然の博物館の組織は、わが国の博物館の中でも、ひときわユニークなものです。博物館での専門的な仕事を担う職員は「学芸員」であることが多いですが、人と自然の博物館では「研究員」となっています。さらに、研究員30名中18名は、兵庫県立大学自然・環境科学研究所の教員（教授・准教授など）が併任し、同じく86%にあたる26名の研究員が「博士」の学位を取得しています。
　また、平成14年度からは、拡大する館の事業を円滑に処理するため事業系部門を設け、研究員が兼務しています。

兵庫県立大学自然・環境科学研究所

　 自然・環境科学研究所は、平成4年度に5部門、25名の教員を有する自然環境や環境計画に関する研究を行う附置研究所として開設されましたが、社会の環境意識の高まりとともに、13部門51名（平成20年4月1日現在）の教員を抱える研究機関として発展してきました。
　特色は、研究所教員が、兵庫県立人と自然の博物館（三田市）、兵庫県立淡路景観園芸学校（北淡町）、兵庫県立コウノトリの郷公園（豊岡市）、兵庫県立大学西はりま天文台公園（佐用町）、兵庫県森林動物研究センター（丹波市青垣町）の研究員を兼務し、それぞれの地域に密着した研究・教育およびシンクタンク活動を進めていることです。大学と博物館等の施設が融合した新しい形の研究施設として、新たな活動領域を切り拓こうとしています。

兵庫県立大学自然・環境科学研究所